Para restaurar uma conta tendo os arquivos de backup local, procure no menu do WHM "Restauração do backup".
Pode ser filtrado por conta ou por data. Optando pela conta, ao selecionar o projeto desejado, irá exibir as opções de datas disponíveis para restauração daquele projeto:
Adicione os projetos desejados na fila e escolha a melhor opção para restaurar (se for só o site, não é recomendado escolher a opção "Restaurar configuração de email").
Posteriormente clique em "Restaurar" no parte inferior a esquerda.